Wahrzeichen und historische Bauwerke einerseits und Orte des aktiven Gemeindelebens andererseits sind die Kirchen in Weisendorf und den Ortsteilen.
Aber auch ohne traditionelles Kirchengebäude haben mehrere Gemeinden ihre Heimat in Weisendorf gefunden.
Evangelische Kirchengemeinde Weisendorf/Rezelsdorf
Katholische Pfarrei St. Josef Weisendorf
Evangelisch-Lutherische Kirchengemeinde St. Kilian zu Kairlindach
Evangelische Gemeinde kreuz & queer Weisendorf
Schwester Teresa von der Kleinen Kommunität der Geschwister Jesu